實驗室認可內審和外審的不同主要體現在：

(1)目的不同

內審從改善內部管理出發，通過對發現的問題采取相應糾正措施、預防措施，推動質量改進;外審是通過對實驗室質量管理體系和技術能力的評價，為顧客承認或CNAS認可/注冊提供依據。

(2)審核組的組成不同

內審以實驗室的名義組成審核組，由實驗室管理層或質量主管負責任命有資格的人員和有關人員實施;外審則由CNAS認可委委派審核組實施。

(3)審核計劃不同

內審可編制集中式或滾動式計劃，一年覆蓋全部要素(過程)和所有部門;外審則編制短期內(通常二天，時間的長短取決于申請人認可范圍)審核所有要素(過程)和相關部門的現場評審計劃。

(4)不符合項分類不同

內審的不符合項考慮到糾正措施的不同，往往分為體系性不符合、實施性不符合、效果性不符合;外審中出現的不符合項分為符合、基本符合、基本符合需現場復核、不符合。

(5)審核員對糾正措施的處置不同

內審對糾正措施可以提建議咨詢，可以提方向性意見供參考，內審員對完成情況需跟蹤和驗證;外審對糾正措施不能提建議，對整改計劃及其落實情況要經審核組長認可，并進行跟蹤審核。

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